巧家县历史悠久。

据民国九年（1920年）《云南省巧家县调查地志资料》：“巧家”二字，系初开辟时一夷人之名，附城一带，系渠领有，此士身殁后，人即以此二字名其领土，设县治时，即以此命名。另说：“巧家”系初开辟时彝族首领曲古都家的简称—“曲家”衍变而来。并志参考。

巧家古称堂琅，总体上可分为5个历史时期：

堂琅县时期。西汉建元六年（公元前135年）置堂琅县，属犍为郡，境域大约包括今巧家、会泽二县及东川市一部。东汉永初元年（107年）置犍为属国都尉，领朱提、汉阳二县，故堂琅县为朱提县一部。建安二十年（215年），刘备改犍为属国为朱提郡，领朱提、南广、汉阳、堂琅、南秦五县。

两晋、南北朝时期，堂琅县建置、隶属无变化。隋开皇三年（583年），改郡为州，以州统县，改朱提郡为恭州。六年，置开边县。大业初年（602年）复名堂琅县。唐武德四年（621年），于故堂琅县置唐兴县，隶恭州。八年，恭州更名为曲州。

乌蛮时期。唐大中十三年（859年）南诏蒙世隆设东川郡，今县地属之。宋朝属乌蛮閟畔部。元朝先后隶属閟畔军民总管府、东川路。

东川土府时期。明洪武十四年（1381年）属东川府，隶云南布政使司。十六年改隶四川布政使司，为东川军民府地。万历三十八年（1610年）并听云南节制。清康熙三十八年（1699年）改土归流，设流官知府，仍属东川路地。

会泽县时期。雍正五年（1727年）置会泽县，治巧家汛，治所在龙格（原名弄戈，今巧家营）。翌年，因征粮不便，县治迁东川府附廓，东川营右军守备分扎，均驻龙格。设鲁木得（今县城）、者那安居租、驽革、汤丹陈机租四汛、二十二塘、六卡。嘉庆十六年（1811年）于鲁木得置巧家抚彝府，设抚彝府同知，析会泽县一部归其辖治，隶属东川府。道光四年（1824年）置巧家厅，设经历，隶东川府。

巧家县时期。民国二年（1913年）废厅，置巧家县，设县公署，行政长官称县知事，属滇中道，后道废，直属云南省政府。同年，设置六城坝行政委员。民国十六年（1927年）改县公署为县政府，民国二十八年（1939年）编年保甲结束。中华人民共和国成立后，仍置巧家县，1950年4月，中国人民解放军进驻巧家，巧家县人民政府正式成立，隶属云南省昭通市。