巧家县历史悠久，据民国九年(1920年)《云南省巧家县调查地志资料》：“巧家”二字，系初开辟时一夷人之名，附城一带，系渠领有，此士身殁后，人即以此二字名其领土，设县治时，即以此命名。另说：“巧家”系初开辟时彝族首领曲古都家的简称—“曲家”衍变而来。并志参考。巧家古称堂琅，总体上可分为5个历史时期：

堂琅县时期：西汉建元六年(公元前135年)置堂琅县，属犍为郡，境域大约包括今巧家、会泽二县及东川市一部。东汉永初元年(107年)置犍为属国都尉，领朱提、汉阳二县，故堂琅县为朱提县一部。建安二十年(215年)，刘备改犍为属国为朱提郡，领朱提、南广、汉阳、堂琅、南秦五县。两晋、南北朝时期，堂琅县建置、隶属无变化。隋开皇三年(583年)，改郡为州，以州统县，改朱提郡为恭州。六年，置开边县。大业初年(602年)复名堂琅县。唐武德四年(621年)，于故堂琅县置唐兴县，隶恭州。八年，恭州更名为曲州。

乌蛮时期：唐大中十三年(859年)南诏蒙世隆设东川郡，今县地属之。宋朝属乌蛮閟畔部。元朝先后隶属閟畔军民总管府、东川路。

东川土府时期：明洪武十四年(1381年)属东川府，隶云南布政使司。十六年改隶四川布政使司，为东川军民府地。万历三十八年(1610年)并听云南节制。清康熙三十八年(1699年)改土归流，设流官知府，仍属东川路地。

会泽县时期：雍正五年(1727年)置会泽县，治巧家汛，治所在龙格(原名弄戈，今巧家营)。翌年，因征粮不便，县治迁东川府附廓，东川营右军守备分扎，均驻龙格。设鲁木得(今县城)、者那安居租、驽革、汤丹陈机租四汛、二十二塘、六卡。嘉庆十六年(1811年)于鲁木得置巧家抚彝府，设抚彝府同知，析会泽县一部归其辖治，隶属东川府。道光四年(1824年)置巧家厅，设经历，隶东川府。

巧家县时期：民国二年(1913年)废厅，置巧家县，设县公署，行政长官称县知事，属滇中道，后道废，直属云南省政府。同年，设置六城坝行政委员。民国十六年(1927年)改县公署为县政府，民国二十八年(1939年)编年保甲结束。中华人民共和国成立后，仍置巧家县，1950年4月，中国人民解放军进驻巧家，巧家县人民政府正式成立，隶属云南省昭通市。

在漫长的历史演进中，巧家先民和周边会泽、东川先民共同创造了以青铜文明为代表的“堂琅文化”，境内遗存蒙姑石棺墓群、乾隆年间“安澜吉水”摩崖石刻、红军抢渡金沙江等历史人文遗迹。